R Best Practice
1
前言 preface
1.1
帮助 help
1.1.1
R包版本信息 version
1.1.2
How to Build and publish?
2
introduction
2.1
为 Rstudio Server 指定R版本
3
colors
3.1
1.ggplot2 常用的渐变色
3.2
自定义渐变色(bias 参数)
3.3
Multi Color System
3.4
Single Color System
4
Literature2
4.1
向高水平文章学习
4.1.1
某 Science paper
4.1.2
按类别整理后如下
5
最佳实践
5.1
Best practices
5.2
文件结构
5.3
代码块
5.4
函数
5.4.1
函数命名的规范化
5.4.2
没见过或使用较少的函数
5.5
图形操作
6
functions
6.1
函数的定义
6.2
返回函数的函数
6.3
df 相关函数
6.3.1
横向合并表格(cbind/merge)
7
Plots
7.1
ggplot2 特殊用法
7.2
ggplot2 主题及自定义主题
7.3
图片瘦身(ggrastr)
7.4
为paper配色而生(ggsci包)
7.4.1
获取颜色16进制值
7.5
图片布局(grid, gridExtra)
7.5.1
更精细控制布局:使用 layout_matrix=矩阵
7.5.2
图中图
7.6
拼接图形(gridExtra/ cowplot/ patchwork)
7.6.1
cowplot 拼接图
7.6.2
patchwork 拼接图
7.7
ggExtra 画边缘分布
7.8
相关分析(去掉共线性的变量)
7.9
pheatmap 热图(成熟)
7.10
ComplexHeatmap 热图(功能多)
7.10.1
pheatmap() 过渡函数
7.10.2
Heatmap() 主力热图函数
7.10.3
为条形图加barplot(顶/右)
7.10.4
仅注释特定几个基因
7.11
dendextend 给聚类图上色
7.12
标文字 ggrepel 避免重叠
8
grid
8.1
坐标系统 unit(1, “npc”)
8.2
基本图形及图形参数 gp=gpar()
8.2.1
使用 rect.rect() 绘制矩形
8.2.2
绘制嵌套的圆环,并在顶部添加文字
8.3
图形对象 Grob 对象 及其排布、放置
8.3.1
Grob 对象
8.3.2
grid.edit
8.3.3
对象排布 gList, or gTree
8.3.4
gPath //todo
8.3.5
使用grobX和grobY获得grob对象的坐标
8.4
视口(viewport)
8.4.1
函数grid.show.viewport()查看创建的视口
8.4.2
视口可以旋转
8.4.3
viewport树
8.5
行列布局 layout
8.5.1
grid.show.layout(layout) 查看布局
8.5.2
拼装散点图
8.5.3
print.ggplot(g1, vp=) 拼合 ggplot2 图形
8.6
视口路径 Viewport paths
8.7
grid 的渐变色
8.8
拆解 ggplot2 对象
8.9
扩展
8.10
ref
9
Good resource
9.1
单细胞教程(en)
9.2
单细胞教程(cn)
9.3
R 及 R包 教程
10
tables
10.1
how to make tables
References
Published with bookdown
R 语言最佳实践 (R Best Practice)
Chapter 9
Good resource
9.1
单细胞教程(en)
纽约大学
Seurat: Integration and Label Transfer
9.2
单细胞教程(cn)
xx
9.3
R 及 R包 教程
ComplexHeatmap 包